Desconozco la Gen6 dado que yo gasto gen7 pero creo que ambas poseen drivers pololu. si es así, ten cuidado que si conectas/desconectas un motor estando con corriente, parece ser que se estropeará el driver pololu fácilmente. También ten cuidado y mira y remira el cableado de los motores por que parece ser que también es fácil cargarte un driver si te equivocas en el cableado.
Entiendo que la placa si los drivers pololu, te debe de permitir introducir firmware (yo lo he realizado así en mi gen7).
Imagino que el chip atmega te vendrá con el bootloader ya instalado pero cuidado que por lo que veo algunos lo venden "pelado" sin ponerle el bootloader con lo que tendrás que buscar un pc con puerto paralelo (no valen usb->paralelo, creo) para instalar el bootloader así como el cableado para conectarlo a tu arduino.