muchos problemas

hola les cuento , tengo una nueva prusa i3 ya la arme como debe de ser funciona como debe de ser los finales de carrera y los motores con excepcion del motor del extrusor
anexo unas fotos donde se ven todos los problemas , ya llevo 1 semana investigando y nada son 2 problemas principalmente , 1 el sonido raro del motor del extrusor y el hot end queda muy lejos de la hotbed al imprimir algo asi como 1cm , al hacer home queda a buena distancia pero al imprimir no baja ya intente mover los finales de carrera y nada con eso y con el motor del extrusor me es imposible imprimir . otra cosa menos importante es que en los ejes -y , -x y -z cuando llegan a tope no paran y hacen ruido , segun yo ya configure en marlin lo correspondiente al area de trabajo pero aun asi hacen el ruido no se que hacer
es una prusa con extrusor bowden y placa mks gen-2z
anexe el archivo de lo que queria imprimir y el resultado tambien hay unos intento de esfera

ya esta un poco mejor supongo alguna idea de como puedo hacer que mejor?