Saludos.
Seguramente no se deba al slic3r, suele deberse a que poco a poco se va saltando pasos el motor.
Revisa la temperatura tanto del motor como del pololu y recalibra el amperaje con el potenciometro del pololu para evitar altas temperaturas(se salta pasos el motor), o lo contrario que el motor no tenga suficente fuerza y le haga falta más amperaje.
Es solo una opinión basada en mi experiéncia, espero que te sirva, no hay nada más frustrante que tener un problema y no saber de donde viene.
Suerte!