En slic3r tienes en la pestaña de filament settings, bajo la sección filamento un parámetro llamado extrusion multiplier.
Aquí se ajusta la cantidad de filamento que extruye para que sea regular entre tus otros materiales.
Luego, si tu diseño requiere cosas particulares para imprimir bien, en la pestaña de Printer settings, bajo la sección advanced tienes un control exhaustivo del flujo de filamento por cada tipo de linea que haces con la impresora:
Primera capa, perimetros etc.