Puede ser porque el ordenador desactive el puerto USB (power-management) o puede ser por interferencias por el cable USB.
Puedes continuar por donde te has quedado mirando en la parte inferior de pronterface y viendo la línea en la que te has quedado, luego tomas el archivo .gcode y borras desde el principio hasta esa línea. Cargas de nuevo el archivo e imprimes. Solo funcionará bien si la pieza no se ha enfriado.